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IDENTIFICACIÓN DE GENES ASOCIADOS CON LA ACTIVIDAD ANTIOXIDANTE, MEDIANTE ANÁLISIS TRANSCRIPTOMICO DE DOS HONGOS BASIDIOMICETOS AISLADOS DEL JARDÍN BOTÁNICO DE LA UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA DE PEREIRA. Proyecto sabático.

 
INVESTIGADOR(ES) PRINCIPAL(ES):
NOMBRE
DEDICACIÓN

Luz Stella Ramírez Aristizábal

20 horas

 
CODIGO CIE

9-17-6

NOMBRE DEL GRUPO DE INVESTIGACIÓN

POLIFENOLES

INTEGRANTES DEL PROYECTO
NOMBRE
TIPO
DEDICACIÓN

Aristofeles Ortiz

Docente

5 Horas

 
TIPO DE CONVOCATORIA

2017. Sin Financiación

TIPO DE PROYECTO

Investigación Básica

OBJETIVO(S)

Objetivo general: Identificar genes relacionados con la actividad antioxidante, presentes en el micelio de 2 hongos basidiomicetos del JBUTP. Objetivos específicos: 1) Cultivar a nivel de laboratorio dos hongos obtenidos del JBUTP en condiciones axenicas. 2) Realizar la extracción de su material genético. Realizar técnicas moleculares como RT-PCR para amplificar los posibles genes de interés farmacológico. 3) Hacer uso de las nuevas tecnologías informáticas para realizar un análisis comparativo de secuencias genómicas.

RESUMEN

En el presente estudio, se realizó una búsqueda de genes asociados con rutas antioxidantes de dos hongos del jardín botánico de la UTP. Para lo cual se recolectaron, aislaron y purificaron los hongos, posteriormente se observaron sus características macroscópicas y microscópicas verificando la pureza de estos, se realizó una extracción del DNA total con e l fin de realizar una amplificación por PCR , utilizando los marcadores moleculares ITS4 e ITS5 , los productos de PCR fueron secuenciados Las secuencias consenso obtenidas fueron comparadas con las secuencias disponibles e n e l GenBank del NCBI, mediante e l uso del algoritmo Blast N. Con base e n los resultados anteriores se identificaron 2 géneros diferentes a saber Xylaria spp., y Phanerochaete con alta probabilidad de Phanerochaete pseudomagnoliae. Cabe anotar que el género Xylaria spp. pertenece a la familia Ascomycota, no obstante, por lo avanzado del proceso, se decidió proseguir con este género fúngico en la investigación. Para realizar los análisis transcriptómicos se inició con l a extracción del RNA para los dos especímenes elegidos, de acuerdo a l protocolo de extracción del RNA isolation Kit: RNeasy Mini Kit, e l proceso de secuenciación se llevó a cabo a través de la metodología Ilumina, finalizado e l proceso se identificaron un total de 39¿891,592 lecturas crudas e n Xylaria spp. y 45¿375.606 lecturas crudas e n Phanerochaete spp. Haciendo uso de las bases de datos públicas Uniprot (Secuencias de proteínas (The UniProt Consortium, 2015) y Pfam (Perfiles de dominio (Finn, 2014), y utilizando las herramientas Blast P (comparación de secuencias (Jacob, 2008)) y Hmmer (búsqueda de perfiles usando estrategias de modelos ocultos de Markov (Söding, 2005), respectivamente e n cada base de datos, se identificaron 58 genes y 65 proteínas e n Xylaria spp. y 60 genes y proteínas e n Phanerochaete spp., todas ellas codificantes para actividad antioxidante. Las secuencias encontradas están disponibles en el gen bank con codigo de acceso BankIt2189142: MK457230 - MK457287.

ESTADO

Concluye Satisfactoriamente

FECHA DE INICIO

07/08/2017

FECHA DE FINALIZACION

07/08/2018

PRODUCTOS
NOMBRE
CATEGORÍA
ENLACE

Actividad antibacteriana y antioxidante del hongo Phanerochaete spp.

Artículos publicados en Revistas B, C ó D


URL

Actividad antimicrobiana y antioxidante del hongo Phanerochaete spp

Trabajo de grado de pregrado

Actividad antimicrobiana y antioxidante del hongo Xylaria spp

Trabajo de grado de pregrado

"Aislamiento, caracterización y evaluación de la actividad proteolítica y lipolítica de bacterias psicrótroficas provenientes de la leche cruda almacenada en tanques de refrigeración.¿

Trabajo de grado de maestría

Identificación de genes antioxidantes en el transcriptoma de ganoderma spp.

Ponencia en evento especializado

¿Obtención y mapeo de péptidos antimicrobianos generados por proteólisis de la ß-lactoglobulina bovina aislada del suero lácteo¿

Trabajo de grado de maestría

 
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