Los almacenamientos de carbono y nitrógeno en el suelo varían de acuerdo con la altura sobre el nivel del mar, y en el caso de Alcalá se encontró que las mayores cantidades estuvieron en la zona alta del municipio correspondiente al rango altitudinal 1450-1600 m.
El carbono y el nitrógeno fluctúan entre las profundidades del suelo, con usos del terreno como pastizal que almacenan la mayor cantidad de estos elementos en la capa superficial (0-10 cm), mientras que el cafetal variedad Colombia los distribuye a través del perfil.
La abundancia natural de 13C permitió demostrar que los depósitos de carbono en el suelo no solo dependen del uso y la cobertura vegetal actual, también tienen alta influencia de usos establecidos con anterioridad y que han fijado estos dos elementos en el suelo.
Los relictos de selva poseen una alta capacidad para la estabilización del carbono en el suelo, mostrando que en un periodo de 13 años pudieron sustituir más del 70% del C que había sido fijado por
pastizales durante 60 años.
Los pastizales fueron los que más contribuyeron con la concentración de gases de efecto invernadero en la atmósfera, siendo el único uso que presentó emisiones de metano y obtuvo los mayores valores para las emisiones de óxido nitroso. Por el contrario, usos como cafetal variedad Colombia, relicto de selva y guadual consumieron metano durante los ocho meses en los que se realizó el estudio
En la distribución espacial del carbono almacenado en la capa de suelo 0-30 cm se encontró la existencia de dependencia espacial en algunas de las grillas, pero con rangos que estuvieron dentro de las distancias de muestreo utilizadas, de manera que la metodología de grillas con 16 puntos cada 200 m es apropiada para realizar evaluaciones de carbono edáfico a nivel de paisaje.
Cafetal variedad Colombia a pesar de tener los mayores almacenamientos en la totalidad del perfil y los mayores consumos de CFU y NjO, no fue considerado un uso apropiado para la prestación de servicios ambientales relacionados con el ciclaje de nutrientes, porque va en contravía de los principios de la Ecotecnología por la condición de monocultivo que lo convierte en un sistema en el que los procesos de autorregulación no son efectivos, requiriendo la intervención constante del ser humano por medio de prácticas de manejo como fertilización, fumigación, zoca y eliminación de arvenses; las cuales representan costos monetarios y energéticos altos.